百日战纪最终防卫学园的故事背景设定于陷落后的东京，幸存者们生活在被伪装成天空的防护层覆盖的保护区中。主角拓海和嘉琉亚在一次袭击中遭遇了神秘的白熊sirei，通过自插心脏获得了变身能力以对抗怪物玩具。随后，他们在一个保存着人类最后希望的特殊学园中苏醒，与各具特色的队友一起组队防守，抵御怪物进攻，保护关乎人类存亡的关键宝物。
百日战纪最终防卫学园背景故事介绍
1、百日战纪最终防卫学园的故事设定非常经典——东京再次陷落！本作通过大量的动画来展示前情提要。
残余的居民生活在一个类似于保护区的地方，孩子们自出生起就未见过真正的天空，只能看到伪装成天空的防护层；防空警报随时可能响起，人们需要迅速躲进地下的避难所，几乎每个家庭都不完整，因为每次袭击都可能导致亲人丧生。
2、在这样的环境中，女孩嘉琉亚因为父亲的去世，与男主角拓海一起生活（喵喵喵？），这是一种“有妹有房、父母双忙”的豪华升级版（妈妈负责供养，还不断撮合他们）。
3、然而这样的生活无法持续，在一次几乎让我误以为是在看番剧的漫长动画之后，一次袭击中，男女主角遇到了一种类似于《弹丸论破》中黑白熊的白色生物。
他们发现各种巨大的诡异玩具正在大规模屠杀人类，嘉琉亚倒在地上，白熊给了拓海一把奇特的刀，并告诉他：用它刺入自己的心脏，就能获得与怪物对抗的力量！
4、尽管《弹丸论破》的黑白熊和《魔法少女小圆》的丘比是出了名的忽悠，本作中的白色熊状生物SIREI看起来也好不到哪里去，但显然他们别无选择。
5、完成变身（经典的战斗教学篇）后，经历了一段创意十足的动画演出，他们突然在一个类似课堂的地方醒来。这是一个保存着人类最后希望的校园，各种奇怪的玩具形态生物为了夺取其中的至宝对其发动了猛烈攻势，如果宝物失守，人类将面临灭亡！
6、校园中的角色装扮各异，都是被那个熊形态的可疑生物收集而来，但无论男女老幼，都能看出是小高和刚的喜好。这次的故事与《弹丸论破》不同，并没有“大逃杀”的勾心斗角，而是大家一起组队进行“玩家对环境”的战斗，共同守护学园。
