入门生物信息学，初学者除了可能已经接触过的r语言外，另一个重要工具就是linux系统。很多人可能会问，为什么需要使用linux系统？windows系统难道不够用吗？答案是，确实不够用。
虽然R语言有Windows版本，但它的主要功能是用于绘图。对于转录组分析来说，R语言可以用于下游分析，但上游分析，如我在之前文章中提到的测序数据处理，需要在Linux环境下使用各种软件和组合，形成数据处理的pipeline。
接下来，让我们简单了解一下Linux系统。
一、Linux是什么
Linux系统有多种类型。我们日常使用的电脑有微软的Windows和苹果的macOS，而macOS的源系统是Unix系统。Linux的上游系统也是Unix，但macOS作为一个封装版本，更接近Unix系统。因此，很多人可能会误以为macOS和Linux系统很相似。了解了这一层关系后，可以说Linux和macOS都是Unix的下游系统。
在手机方面，安卓手机的Android系统以及最近火热的国产手机大厂华为的鸿蒙系统都是基于Unix系统开发的。年纪稍大的前辈们在安卓手机刚推出时，可能接触过一些可以编辑命令行的软件，这也和Linux系统很相似。实际上，这些系统都是Unix的变种。
回到主题，Linux可以简单地看作是一个操作系统。当然，它也有图形化界面，但在我们后续的学习中，大多数接触的是命令行界面。只要学会使用这些软件，学习难度并不大，大家可以放心。
二、Linux发行版本
三、为什么学习生物信息学需要学习Linux
1、生物信息学软件通常是Linux版本
2、命令行操作更加高效
开发语言：java，支持数据库：Mysql 5，系统架构：J2EE，操作系统：linux/Windows1. 引言 32. 系统的结构 32.1 系统概述 33. 功能模块设计说明 43.1 商品管理 43.1.1 添加商品功能模块 53.1.2 商品列表功能模块 83.1.3 商品关联功能模块 93.
3、命令行适合批量处理
4、命令行适合自动化处理
四、如何获得Linux学习环境
五、选择Ubuntu还是CentOS
六、为什么Linux比较难学？
1、命令行模式
2、目录结构
3、环境配置
4、权限控制
