在r语言环境下安装poppr包时，遇到rglpk包安装失败的问题，主要原因是缺少glpk的共享依赖。以下是解决此问题的方法：
背景
在使用服务器的R语言环境中，尝试安装poppr包时，遇到了以下错误：
In file included from vendor/cigraph/src/community/optimal_modularity.c:32:vendor/cigraph/src/internal/glpk_support.h:39:10: fatal error: glpk.h: No such file or directory 39 | #include| ^~~~~~~~compilation terminated.make: *** [/data1/username/0030.software/python/3.8/envs/r-4.3.2/lib/R/etc/Makeconf:193: vendor/cigraph/src/community/optimal_modularity.o] Error 1ERROR: compilation failed for package ‘igraph’
主要问题在于Rglpk包无法安装，因为系统中缺少glpk的共享依赖。许多教程建议使用root权限通过yum安装glpk，但我们选择不使用root权限，而是以普通用户身份解决此问题。
解决方案
- 安装Glpk到用户目录，用于R依赖
cd ~ wget http://ftp.gnu.org/gnu/glpk/glpk-4.54.tar.gz tar xfzv glpk-4.54.tar.gz mkdir GLPK cd glpk-4.54 ./configure --prefix=/home/username/GLPK make make install
- 下载Rglpk包
cd /path/to/rpackages wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Rglpk_0.6-5.1.tar.gz tar xvf Rglpk_0.6-5.1.tar.gz
- 让R可以识别到依赖
由于我的R环境是通过conda安装的，因此我首先激活了环境。
移动文件并设置变量，使R能够识别到依赖：
mamba activate r-4.3.2 mv /home/username/glpk-4.54 /path/to/rpackages/Rglpk/src/GLPK export LD_LIBRARY_PATH=/home/username/GLPK/lib export LIBRARY_PATH=/home/username/GLPK/lib export CPATH=/home/username/GLPK/include
然后，通过命令行安装Rglpk包：
R CMD INSTALL Rglpk
完成上述步骤后，Rglpk包应能正常安装并使用，依赖于Rglpk的其他R包也将能够顺利安装。
写在最后
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