day12三、文本查看、操作、统计命令1、文本查看的五个命令
| 命令 | 常见参数 | 常见用法 |
|---|---|---|
| cat | ①-A：显示所有内容，包括特殊字符；②-n：显示所有行号，-b 显示非空行行号 | ①向文件写入内容：$ cat > file（>为重定向符），输入内容后按Ctrl+C结束，再使用cat file查看；②zcat可用于查看压缩文本文件。 |
| head / tail | -n：指定显示前/后n行，默认10行 | $ cat Data/example.gtf |
| more | 参数 文件名 | 分页查看文件内容，空格翻页，回车换行，q退出 |
| less | ①-N：显示行号；②-S：单行显示；③zless：查看压缩文件；④/keyword搜索关键词；⑤n/N浏览关键词；⑥g/G快速回到开头/结尾。 | 支持更多功能的分页查看器，more更简单，less为其增强版，可独立显示内容，也可通过管道传递给head输出。 |
2、文本操作和统计命令
| 命令 | 常见参数 | 常见用法 |
|---|---|---|
| wc | ①-l：统计行数；②-w：统计单词数（含空格）；③-c：统计字节数 | 可同时处理多个文件进行统计，常用于计算行数。 |
| cut | ①-d：指定分隔符，默认为\t；②-f：选择要输出的列 | ①不仅支持符号作为分隔符，也可以使用字母或数字等字符，如cut -d 'h'将以h作为分隔符。 |
| sort | ①-n：按数值排序；②-V：识别字符串中的数值排序；③-r：逆序排列；④-k：按指定列排序；⑤-t：指定分隔符 | 示例：cat Data/example.gtf |
| uniq | -c：统计连续重复行的数量 | uniq只能删除相邻重复行，因此通常需要配合sort使用。 |
| paste | -d：指定合并分隔符；-s：按行合并 | ①纵向合并用cat，横向合并用paste；②paste file1 file2；③seq 20 |
| tr | -d：删除特定字符；-s：压缩连续重复字符 | tr ‘’ ‘’用于替换字符，前者被后者替换。 |
| md5sum | -c：校验MD5值 | ①生成MD5：md5sum；②保存：md5sum Data/reads.1.fq.gz > reads.1.fq.gz.md5；③验证：md5sum -c reads.1.fq.gz.md5 |
补充说明：column -t可以让表格对齐更好看；制表符为\t（cat显示为^I）；换行符为\n（cat显示为$）；MD5主要用于验证数据完整性，确保完全一致。
3、练习题
练习1
练习2
练习3
练习4
练习5
练习6
练习7
练习7
