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pandas groupby 后 apply 比 agg/transform 慢很多的性能原因

舞夢輝影

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发布时间:2026-01-21 20:32:02

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来源于php中文网

原创

核心原因是apply默认逐组构造新DataFrame/Series对象,触发完整Python层循环和对象开销,而agg/transform在底层尽可能复用向量化操作或C优化路径。

pandas groupby 后 apply 比 agg/transform 慢很多的性能原因

核心原因是 apply 默认逐组构造新 DataFrame/Series 对象,触发完整 Python 层循环和对象开销,而 agg/transform 在底层尽可能复用向量化操作或 C 优化路径

apply 默认走 Python 解释器循环,无法跳过对象构建

当你对 groupby 对象调用 apply(func) 且未指定 axis 或传入标量函数时,pandas 会为每一组单独提取子 DataFrame(或 Series),再把该子对象传给你的函数。这个过程包含:

  • 每组都新建一个 pandas 对象(含索引、dtype 检查、内存拷贝等)
  • 函数调用在 Python 解释器中执行,无法被 numba/Numpy 的 C 循环加速
  • 返回值还要被收集、拼接、对齐,涉及额外的索引重建和类型推断

agg 和 transform 优先调用内置优化实现

.agg(['mean', 'sum']).transform('std') 这类操作,pandas 会直接映射到内部已编译的高效路径:

  • 绕过 Python 层,直接调用 NumPy 的 ufunc 或 Cython 实现的分组聚合(如 libgroupby 模块)
  • 不构造中间组对象,而是通过指针偏移 + 长度信息,在原始数组上做原地计算
  • 支持输出广播(transform)或压缩(agg)的零拷贝优化,避免冗余内存分配

即使写自定义函数,apply 也难逃开销瓶颈

比如你写 df.groupby('key').apply(lambda x: x['val'].mean()),看似简单,但实际仍经历:

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  • 每组生成 x(DataFrame 子视图或副本,取决于是否可切片)
  • 再从 x 中取列 'val' → 又一次对象访问和 Series 构造
  • 调用 .mean() —— 虽然这个方法本身是优化的,但外层 apply 的调度成本已远超计算本身

换成 df.groupby('key')['val'].agg('mean'),就直接走分组+数值列均值的专用通道,跳过所有中间对象。

怎么缓解 apply 的性能问题

如果必须用 apply,可通过以下方式减少损耗:

  • groupby(...).apply(func, include_groups=False)(pandas ≥ 2.1)避免传入 group key 列
  • 确保函数接收的是 Series(如先选列:df.groupby('key')['val'].apply(...)),比传整个 DataFrame 快数倍
  • numba.jit 加速纯数值计算逻辑,并配合 Series.to_numpy() 输入,彻底脱离 pandas 对象
  • 能用 agg/transform + 字符串名 / 内置函数 / 元组组合的,绝不手写 apply

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