FIMO HTML输出中不存在canvas元素，所谓“画布尺寸”实为硬编码的SVG容器宽800、高400，不可通过命令行修改，需手动编辑模板或调整--thresh和--max-stored-scores参数优化显示效果。
HTML输出中画布尺寸由fimo命令的--html参数隐式控制
FIMO本身不直接在HTML中写入标签或显式设置width/height属性，它生成的HTML是静态报告页，核心可视化依赖内联SVG（非Canvas）。所谓“画布尺寸”，实际指SVG容器的宽高——这由FIMO内部模板决定，**不可通过命令行参数直接修改**。
常见误解是以为加--html就能自定义渲染区域，但FIMO 5.6.1及之前版本的HTML输出完全硬编码SVG尺寸：width="800"、height="400"（含边距），且无CSS类或ID供外部覆盖。
- 该尺寸仅影响单个motif track的SVG区块，不随输入序列长度缩放
- 若匹配位点过多，SVG会横向滚动，但初始视口仍是800×400
- 修改需手动编辑HTML中的
标签，或用浏览器开发者工具临时覆盖style
FIMO HTML里没有canvas元素，别被“画布”字面意思误导
搜索“FIMO HTML 画布”容易联想到HTML5 ，但FIMO输出中**根本不存在标签**。所有图形（logo、位置分布、序列匹配）均用SVG实现，属于矢量渲染，与的位图绘制机制无关。
这意味着：无法用JavaScript调用getContext('2d')，也无法用toDataURL()导出图片；想批量截图或重绘，得解析SVG结构而非操作Canvas API。
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- 检查HTML源码，搜索
- 浏览器渲染时，SVG缩放不影响清晰度，但Canvas缩放会导致像素模糊
- 若后续要集成到Web应用，建议用
iframe嵌入或提取片段再封装
fimo --html输出的SVG尺寸参数藏在Perl模板里，改源码才可控
FIMO的HTML模板位于安装目录的share/fimo/motif_report.html（或类似路径），其中SVG宽高由Perl变量$svg_width和$svg_height设定，默认值写死为800和400。命令行无对应选项暴露这些变量。
想真正控制尺寸，只有两个可行路径：
- 修改模板文件，把
800和400替换成你想要的数值，再重新运行fimo - 用
--text输出TSV，自己用Python（如plotly或matplotlib）重绘，完全绕过FIMO HTML - 注意：修改模板后，若升级FIMO，改动会被覆盖，需重新应用
真正影响可视效果的是--max-stored-scores和--thresh，不是“画布”大小
用户常抱怨“结果挤在一起看不清”，其实问题不在SVG容器尺寸，而在FIMO默认只存储前10000个匹配位点（--max-stored-scores 10000），且按p值阈值（--thresh）过滤。当序列长、motif强时，大量匹配被截断或压缩进有限SVG空间，导致重叠。
- 增大
--max-stored-scores（如设为100000）可缓解密度问题，但HTML体积剧增 - 收紧
--thresh（如1e-5）比调SVG尺寸更能提升可读性 - 对超长序列（>1Mb），建议先用
bedtools slop切分区域，再分段跑FIMO
--thresh和--max-stored-scores是否合理。 
