FIMO HTML报告默认不标注或可视化蒙版区域，启用--mask仅影响内部扫描跳过soft-masked小写字母，但HTML中无mask标识、图形不高亮、坐标仍基于原始序列。
FIMO 输出的 HTML 报告默认不包含蒙版（masked）序列区域的显式标注或可视化，也不会在 motif 打分表格、位点列表或图形中区分哪些碱基来自 masked 区域（如重复序列、低复杂度区）。它只对输入 FASTA 中的原始序列做扫描，而是否跳过 masked 区域，完全取决于你运行 fimo 时是否启用了 --mask 参数。
运行 FIMO 时没加 --mask，HTML 里就看不到任何蒙版逻辑
FIMO 默认把输入序列当作全有效区域处理。哪怕你的 FASTA 文件里用小写字母（如 nnnn 或 atcg）做了 soft-mask，FIMO 也照常打分——它不识别大小写含义，更不会在 HTML 中标记“此处被 mask”。fimo 的 HTML 输出只反映匹配结果，不记录扫描时是否跳过了某段。
- 软掩码（lowercase）需配合
--mask才生效；否则等同于普通碱基 - 硬掩码（如用
N填充）会被fimo当作无效碱基直接跳过，但 HTML 不会说明“此处因 N 被跳过” - HTML 中的
sequence列显示的是原始 FASTA 片段，不是 mask-aware 重编码后的版本
--mask 开启后，HTML 仍不显示蒙版覆盖范围
启用 --mask 后，FIMO 会在内部跳过 soft-masked 区域（即小写字母），不计算 motif 得分，也不输出这些位置的匹配。但生成的 HTML 报告中：
— 没有新增一列标明“是否 mask”
— 图形 track 不会高亮 mask 区段
— fasta 输出文件（若指定）也不会补上 mask 注释
- 唯一能确认 mask 是否起效的方式：对比开启/关闭
--mask时的fimo.tsv行数和位点坐标分布 - 如果某段区域在关闭
--mask时密集出峰、开启后完全消失，大概率就是 soft-masked 区域 - HTML 中的 “
start” 和 “end” 坐标始终基于原始 FASTA 序列编号，与 mask 状态无关
想让 HTML 显示蒙版信息？得自己后处理
FIMO 不提供蒙版元数据导出接口，HTML 模板也不支持注入自定义字段。真要可视化 mask 区域，只能在生成 HTML 前或后动手脚：
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- 用
bedtools maskfasta或awk预处理 FASTA，把 masked 区域替换成特殊字符（如X），再喂给 FIMO；之后用正则匹配 HTML 表格里的sequence列找X - 解析
fimo.gff和原始 mask BED（如 RepeatMasker 输出），用bedtools intersect标记每个 FIMO 位点是否重叠 mask 区域，再把结果合并进 HTML 表格（需改写fimo.html模板或用 Python + BeautifulSoup 注入） - 直接弃用 FIMO HTML，用
fimo --oc输出结构化目录，然后用 R/Python 绘制带 mask track 的整合图（比如ggplot2叠加 geom_rect）
真正容易被忽略的一点是：FIMO 的 mask 行为只作用于扫描阶段，它不会修改输入序列的表示形式，也不会在任意输出文件里留下 mask 的“痕迹”——这意味着，除非你保留原始 mask BED 并主动比对，否则从 FIMO 输出中根本无法反推哪些区域曾被屏蔽。
