FIMO生成的output.html不包含操作历史，仅展示匹配结果、序列logo、统计摘要和基础元信息；其HTML模板静态固定，不记录命令行参数、运行时间等审计信息。
HTML输出是否包含FIMO操作历史
FIMO本身不会在生成的output.html中自动嵌入用户的历史操作步骤（比如命令行参数、输入文件路径、运行时间等）。它的HTML报告只展示匹配结果的可视化表格、序列logo、统计摘要和基础元信息（如motif ID、p-value阈值），不记录“谁、何时、用什么参数运行了FIMO”。
FIMO命令行参数不影响HTML历史记录生成
无论你使用--verbosity 2、--max-stored-scores 10000，还是加--oc指定输出目录，FIMO都不会把命令本身写进HTML。它内部没有“日志注入HTML”的机制。HTML模板是静态定义的，由MEME Suite的前端代码控制，与运行时上下文隔离。
常见误解来源：
• 把fimo.log（文本日志）误认为HTML的一部分
• 看到HTML里有“Command line”字段，但那只是硬编码的示例字符串，不是真实执行命令
如何手动保留可追溯的操作记录
若需审计或复现，必须外部补充：
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- 运行前用
echo "fimo --thresh 0.001 motif.meme input.fa" > fimo_cmd.txt存命令 - 将
fimo.log和output.html打包同目录，HTML里无法直接链接，但文件系统层面可关联 - 用
script命令包裹FIMO调用，生成带时间戳的终端会话录屏：script -c "fimo motif.meme input.fa" fimo.session.log - 如果走Snakemake/Nextflow流程，操作记录天然存在pipeline日志中，无需依赖HTML
修改HTML模板强行加入操作信息可行但不推荐
FIMO使用的HTML模板位于MEME安装目录下的 Run command: libexec/meme-5*/meme/bin/fimo-html-template.html。理论上可编辑该文件，在Results
${CMD}
更现实的做法是：用Python或sed在FIMO运行后自动向生成的output.html中注入一段区块）。
真正容易被忽略的是：FIMO的HTML本质是结果快照，不是审计载体。依赖它存操作痕迹，就像指望PDF截图记住你是怎么点出那个对话框的——方向就错了。
