1、数据库访问比较：
PHP对于不同的数据库采用不同的数据库访问接口，所以数据库访问代码的通用性不强，而Java通过JDBC来访问数据库，通过不同的数据库厂商提供的数据库驱动方便地访问数据库，访问数据库的接口比较统一。
2、安全性对比 ：
在JAVA的面前，PHP丢掉了很多的优势。在代码的安全性上尤为突出。PHP的开发程序在别人拿到代码后，可以很容易的进行修改。而JAVA开发的程序由于无法看到完整的源代码，只能看到一些编译好的类文件，所以安全性较高
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YXPHP6系统可以看做是一个模版平台,而且它又能独立工作. 而且YXPHP6系统也不需要数据库支持. 你可以开发自己的模板,也可以同步官方的模板后进行自己的二次开发,前提是您对YXPHP6要有一定的了解.YXPHP6不仅可以用作企业建站,甚至是blog,只要是您能想到的,YXPHP6几乎都可以胜任. 因为YXPHP6系统本身与模板之间可以说是独立运行的.也就是说,不管你做什么样的网站或者是应用,
3、开发成本上的不同
PHP最经典的组合就是：PHP + MySQL + Apache。非常适合开发中小型的Web应用，开发的速度比较快、开发成本低。而且所有的软件都是开源免费的，可以减少投入。
Java的Web应用服务器有免费Tomcat、JBoss等，如果需要更好的商业化的服务有：Web Sphere和 Web logic。
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