1.一个mysql实例（进程）可以创建多个连接（线程）吗？
2.这里连接的概念有分物理上的连接和逻辑上的连接吗？它们和mysql实例是什么关系，是否一一对应关系？
3.php里的mysql_connect()是指创建什么连接？是物理连接吗？
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我思考过这个问题，如果你真正明白了什么是一个TCP连接，你的问题你就明白了。
第一点需要明确的是：mysql的Server实例与mysql的Client间通信是走TCP连接
好，明白了这点，现在尝试搞明白什么才是一个真正的TCP连接？
用一个四元组就可以表示一个真正的连接。
[sourceIP,sourcePort,desIP,descPort]该四元组唯一的表示一条TCP连接。
当明白这个你就知道其实一个mysql客户端进程与mysql Server直接是可以有多条TCP连接的。因为mysql客户端可以开启多个端口来连接Server端。
再会上题主的问题。当在mysql client端调用connect()方法的时候，是客户端启动一个端口与mysql Server进行TCP握手连接，三次握手完毕后TCP连接建立完毕。