把中间的部分换成下面这样，原因是每次循环的时候temp没有初始化,另外最后alert的应该是count吧...

        var a = $("#input").val();
        var l = a.length;
        var count = 0;
        
        for(var i=0; i<l; i++){
            var temp=0;
            for(var n=0;n<l;n++){
                if(a.charAt(n) == a.charAt(i)){
                     temp++;
                }
            }        
            if(temp > count){
                count = temp;
            }
        };
        alert (count);

es6

let theMost = str => str.split('').sort().join('').match(/(\S)\1*/g).sort((a,b)=>b.length-a.length)[0][0]

es5

function theMost(str){
    return str.split('').sort().join('').match(/(\S)\1*/g).sort(function(a,b){
        return b.length - a.length
    })[0][0]
}

var freq =  "Hello world!".split('').reduce(function(acc, elem){ acc[elem] = (acc[elem]||0)+1  ; return acc;}, {});
// -> { H: 1, e: 1, l: 3, o: 2, ' ': 1, w: 1, r: 1, d: 1, '!': 1 }

var most_freq = Object.keys(freq).sort(function(a,b){ return freq[a] - freq[b]}).pop();
// -> 'l'

给你个优雅点和效率点的方案吧

var str = '我爱北京天安门，天安门上太阳升';
var freqs = {}; // 用来记录所有的字符的出现频次
var mostFreqChar = ''; //用来记录最大频次的字符
for (var i = 0; i < str.length; i++) {
    var char = str[i];
    if (!freqs[char]) {
        freqs[char] = 0;
    }
    freqs[char] ++;
    if (mostFreqChar == '' || freqs[char] > freqs[mostFreqChar]) {
        mostFreqChar = char;
    }
}
console.log(freqs);
console.log(mostFreqChar);

当然了，一眼看过去就知道，其实正确的答案应该是“天安门”三个字都是最大频次的字符，目前的逻辑只能输出第一个，如果要输出这所有频次相同的最大频次字符，还需要稍微做一些改进

细想了一下，给个思路：

function getMostChart(str){
    if( str.length < 2 ) return [str];
    var strs = str.split('').sort();
    var counters = [];
    var first_i = 0;

    strs[strs.length] = undefined; //添加不等于字符串的最后一项以便循环执行
    for( var i = 1, len = strs.length; i < len; i++ ){
        if( strs[i] !== strs[first_i] ){
            var counter = i - first_i;
            if( ! counters[ counter ] ) counters[ counter ] = [];
            counters[ counter ].push( strs[first_i] );
            first_i = i;
        }
    }

    return counters[counters.length - 1];
}

先将字符串排序，然后循环计算每个字符出现的次数，并将出现相同次数的值放在以次数为索引的缓存数组中，然后，缓存数组的最后项即为出现次数最多的字符串数组；
即如：

str = 'esd' 
// counters[1] = ['e', 's', 'd'];
str = 'ese' 
// counters[1] = ['s']; counters[2] = ['e']; - e 出现次数最多
str = 'esee' 
// counters[1] = ['s']; counters[3] = ['e']; - e 出现次数最多
str = 'esesa' 
// counters[1] = ['a']; counters[2] = ['e', 's']; - e, s 出现次数最多

测试结果如下：

getMostChart('你好好')
// ["好"]
getMostChart('你好好哈哈哈')
// ["哈"]
getMostChart('aaa')
// ["a"]
getMostChart('aaacd')
// ["a"]
getMostChart('aaacdeedddd')
// ["d"]
getMostChart('我爱北京天安门，天安门上太阳升')
// ["天", "安", "门"]

 function demo(str){
            strs = str.split("").sort();//将字符串分解成单字符数组，并排序（排序可不用）
            //console.log(strs);//这是调试用的
            var counters = [];//定义一个数组来保存字符出现的次数
            for(var i = 0;i<strs.length;i++){//用两个for循环来遍历strs数组内字符出现的次数，用temp计数。
                var temp=0;
                for(var j = 0;j<strs.length;j++){
                    if(strs[i]==strs[j]){
                        temp++;
                    }
                }
                //console.log(strs[i]+":"+temp);//这是调试用的
                if(Array.isArray(counters[temp])){//判断是否数组
                    if(!counters[temp].some(function(elem){//判断数组里面是否有相同元素。
                            return elem==strs[i];
                        }))
                        counters[temp].push(strs[i]);//没有相同元素则push字符到相应的以次数为脚标的二维数组中。
                }else {
                    counters[temp] = [];//不是数组，则定义空数 组。
                    counters[temp].push(strs[i]);//同时push字符到相应的以次数为脚标的二维数组中。主要是第一次push时。
                }
            }
            console.log(counters[counters.length-1]);//那么最后一个二维数组内容就是次数最多的字符，出现的次数就是counters.length-1。
            return counters;
        }