由于compactpci系统的众多优势，它在多个领域有着广泛的应用。
1、列控设备动态监测系统：
在动车组运行过程中，对影响行车安全和效率的ATP信号设备、应答器、轨道电路及补偿电容等进行实时监测，实现列控设备与地面设备的即时监测和分析。在机箱的空槽位中设计专用串行总线模块，通过背板硬连接到CompactPCI系统背板。
2、机车信号车载系统：
高铁车厢监控系统，监控车厢内的温度、湿度及各种开关状态。采用双层架构，专用调理模块与系统模块通过CompactPCI背板进行“硬”连接。
3、高铁防灾冗余控制系统：
对高铁沿线的风、雨、雪、地震、落物等灾害信息进行实时监控，一旦检测到异常，即可向列车供电系统和信号系统发出指令，及时使列车减速乃至停车。该系统提供远程实时监测与报警，同时记录所触发事件。为增强安全性，系统采用冗余结构，在一台CompactPCI机箱内配置双系统同时运行。
4、虚拟仪器测控系统：
将PXI万用表卡与CompactPCI开关控制卡在同一CompactPCI机箱内运行，实现自动测试系统。
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5、基于VxWorks的火箭发射仿真系统：
实时模拟火箭发射与操作控制站使用VxWorks系统，操作站使用Windows系统，通过1553B通讯进行AI/AO/DI/DO及通讯接口的操作。
6、地面武器仿真训练系统：
模拟地面武器特性，进行战况仿真训练。为提高实时性，采用实时系统，达到微秒级同步控制各种总线通讯，包括RS232/485，CAN2.0B等，实现高精度高密度数据采集，16位分辨率16路模拟量输出，130路数字量输入与输出。
7、军舰电子装备测试系统：
对变参数、多种类、多功能、大信息量的测量、控制及复杂的数据分析处理采用CompactPCI结构，实时数据采集与分析采用虚拟仪器技术，实现高精度数据采集及逼真的画面展示，提供各种图表分析。
