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怎样用python加载dicom图片

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发布时间:2025-12-04 21:20:59

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来源于php中文网

原创

最常用、最可靠的方式是用 pydicom.dcmread() 读取 DICOM 文件,获取包含元数据和像素数据的 Dataset 对象;ds.pixel_array 是已解码的 numpy 数组;推荐用 apply_voi_lut() 结合窗宽窗位优化显示;批量加载需按 InstanceNumber 等排序确保切片顺序正确。

怎样用python加载dicom图片

用 Python 加载 DICOM 图片,最常用、最可靠的方式是使用 pydicom 库,它专为读取和处理医学影像的 DICOM 格式设计。加载后通常配合 numpymatplotlib 进行数据查看或后续处理。

安装必要库

在命令行中运行:

  • pip install pydicom numpy matplotlib

如果需要处理带像素数据的增强型 DICOM(如多帧 CT/MR),还可选装:pip install pillow(用于部分解码支持)。

基础加载:读取单个 DICOM 文件

pydicom 的 dcmread() 函数可直接读取文件,返回一个 Dataset 对象,包含元数据和像素信息:

立即学习Python免费学习笔记(深入)”;

import pydicom
ds = pydicom.dcmread("example.dcm")
print(ds.PatientName)  # 查看患者姓名等元数据
print(ds.pixel_array.shape)  # 查看图像尺寸,如 (512, 512)

注意:ds.pixel_array 是核心图像数据(numpy 数组),已自动解码,无需手动解析原始字节

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显示 DICOM 图像(灰度+窗宽窗位校正)

DICOM 图像常需应用窗宽(WW)和窗位(WL)才能正确显示软组织或骨骼细节:

  • 若 DICOM 中有 WindowWidthWindowCenter 字段,建议用它们调整显示对比度
  • 可用 pydicom.pixel_data_handlers.util.apply_voi_lut() 自动应用 VOI LUT(推荐)
  • 简单显示可先用 plt.imshow(ds.pixel_array, cmap="gray"),但可能偏亮/偏暗

示例(带窗宽窗位适配):

import matplotlib.pyplot as plt
from pydicom.pixel_data_handlers.util import apply_voi_lut

尝试应用 VOI LUT(兼容大多数 CT/MR)

arr = ds.pixel_array if hasattr(ds, 'WindowWidth') and hasattr(ds, 'WindowCenter'): arr = apply_voi_lut(arr, ds)

plt.imshow(arr, cmap="gray") plt.axis('off') plt.show()

批量加载与检查多个 DICOM 文件

实际中常遇到一个病例含多个切片(如一个文件夹下全是 .dcm)。可用 globos.listdir 批量读取:

import glob
import pydicom

dcm_files = sorted(glob.glob("path/to/dicom/*.dcm")) datasets = [pydicom.dcmread(f) for f in dcm_files]

检查是否为同序列(可选)

for ds in datasets[:3]: print(f"Instance: {ds.InstanceNumber}, Shape: {ds.pixel_array.shape}")

注意:确保文件按切片顺序排列(如按 InstanceNumber 排序),否则重建三维体数据会错乱。

基本上就这些。关键点是:用 pydicom.dcmread 读,用 .pixel_array 取图,用 apply_voi_lut 或手动窗宽窗位优化显示——不复杂但容易忽略。

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