需启用MuleRun“超级智能体模式”并配置科研推理插件、结构化提示词、知识锚点、压力测试及研究日志，方可生成可验证的科学假设。
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如果您在使用骡子快跑（MuleRun）进行科研探索时，希望系统能主动提出具有启发性的科学假设或研究猜想，则需借助其“超级智能体模式”中内嵌的因果推理链与跨域知识映射能力。以下是实现该目标的具体操作路径：
一、启用超级智能体模式并激活科研推理插件
该模式赋予MuleRun持续学习用户专业背景、文献阅读轨迹与提问范式的能力，使其可在已有知识图谱基础上触发反事实推演与边界条件扰动，从而生成可验证的假设陈述。系统默认不自动开启深度推理插件，需手动调用。
1、登录MuleRun平台后，点击右上角用户头像，选择“设置”选项。
2、在“工作模式”中切换至超级智能体模式（Super Agent），确保状态显示为“已激活”。
3、进入“技能中心”，搜索关键词“科研推理”，找到名为“HypothesisForge”的插件，点击启用并授权访问历史文献笔记与本地上传PDF。
二、输入结构化科研语境提示词
MuleRun依赖上下文密度触发假设生成机制，单一问题无法激活其猜想引擎。必须提供包含研究对象、已知机制、未解矛盾与观测约束四要素的提示框架，系统才能启动多路径归因分析。
1、在主对话框中输入以下模板格式内容：“我在研究[具体对象，如：ZEB1蛋白在肺腺癌转移中的作用]，已知[已验证机制，如：它抑制E-cadherin表达并促进EMT]，但存在矛盾现象[未解问题，如：高ZEB1表达患者中约37%未发生远端转移]，且受限于[观测约束，如：小鼠模型中缺乏淋巴结微环境模拟]。请基于上述信息生成3个可实验验证的机制性假设。”
2、发送后等待系统加载知识节点，进度条显示“正在构建跨模态因果图谱”时不可中断。
3、收到首轮响应后，对任一假设追加指令：“对该假设推导出一个可被单细胞空间转录组证伪的预测性子句”，触发二级细化。
三、调用领域知识锚点强制约束假设边界
为避免生成天马行空的伪科学猜想，需将MuleRun的推理过程锚定在指定权威知识源上。系统支持绑定PubMed ID、DOI编号或本地文献库哈希值，使所有假设生成严格遵循所选证据链拓扑结构。
1、在“知识中心”页面点击“新增锚点”，粘贴目标文献的DOI号（例如：10.1038/s41586-023-06900-0），选择“设为本项目核心锚点”。
2、返回对话界面，在提示词末尾添加指令：“所有假设必须满足：每个变量均有该DOI文献中定义的操作化测量方式，且因果方向不得与图3B所示通路逆向冲突。”
3、提交后，系统将返回带引用标注的假设列表，每个假设后附有对应锚点文献中的支撑段落编号与图表位置。
四、使用反向压力测试工具校验假设稳健性
MuleRun内置“StressTest”工具可对生成的假设执行逻辑一致性扫描、数据可行性推演与实验成本预估。该步骤非自动触发，必须显式调用，否则系统仅输出未经压力验证的原始猜想。
1、在假设列表页面，勾选待检验的假设条目，点击底部工具栏中的“运行压力测试”按钮。
2、在弹出窗口中设定三项参数：预期样本量（如：n=120）、检测效能（如：power=0.9）、最大允许假阳性率（如：α=0.01）。
3、确认后系统将返回三类标记：绿色“✓ 可证伪”、黄色“⚠ 需补充对照组设计”、红色“✗ 违反基础生物学法则”，仅绿色标记项可进入后续实验规划。
五、注入个人研究日志触发个性化假设演化
MuleRun的自进化特性体现在其能从用户过往失败实验记录中提取“负向知识”，将无效路径转化为假设筛选过滤器。若未上传至少3次含明确失败原因标注的日志，系统默认采用通用学科先验，导致假设泛化度过高。
1、进入“我的实验室”模块，点击“上传日志”，选择格式为CSV的实验记录文件。
2、确保每条记录包含字段：实验ID、干预措施、预期结果、实际结果、失败归因（如：“CRISPR脱靶导致ZEB1非特异下调”）。
3、上传完成后，在提示词中加入指令：“参考ID#EX20251103与ID#EX20260117的失败归因，排除所有涉及锌指结构域脱靶效应的假设路径。”
